كما يعد قسم الأطفال أحد الأقسام العلاجية الرئيسية التي توفر الخدمات الطبية لفئة الأطفال الذين تتراوح أعمارهم ما بين يوم إلى 14 عامًا بالاسكندرية  ويقدم القسم خدماته لكل الاطفال، بما في ذلك مرضى طوارئ الأطفال.

ويعمل قسم طب الاطفال بمستشفى سيتي بالتعاون مع الأقسام الأخرى في المستشفى، لا سيما قسم الأنف والأذن والحنجرة للأطفال، وقسم طب العظام للأطفال، وقسم أمراض النساء والولادة، وقسم المختبرات الطبية من أجل ضمان حصول مرضانا على أعلى معايير الرعاية الممكنة وأكثرها ملائمة.

وينقسم القسم إلى الوحدات الفرعية التالية:

• وحدة العيادات الخارجية للأطفال
• وحدة المرضى الداخليين من الأطفال
• وحدة الطوارئ
• وحدة الأطفال حديثي الولادة
• وحدة عناية مركزة للاطفال ن سن 6 شهور ل 13 سنة

توفر وحدة العناية المركزة لحديثي الولادة الخدمات التالية:

عيادة الأطفال الرضّع
هي عيادة متخصصة في رعاية الأطفال الخدّج الذين تصل فترة حملهم لثلاثين أسبوعًا أو أقل، ونحن مؤهلون لتحديد حالات القلب والدورة الدموية غير المستقرة والتعامل معها، فضلاً عن مشاكل الجهاز الهضمي، ورعاية المواليد الذين خضعوا لعمليات جراحية. كما تضم العيادة مجموعة من الكوادر التي تتمتع بخبرات مكثفة في رعاية الأطفال الذين يعانون من التشوهات الجسدية التي تعود إلى أسباب وراثية في العائلة (تشوهات وراثية) أو التي تحدث أثناء الولادة (التشوهات الخلقية).

الأنف والأذن والحنجرة
علاج الحالات المرتبطة بالأذن والأنف والحنجرة مثل التهابات الأذن، ومشاكل الجيوب الأنفية أو مشاكل التنفس، وقد تشتمل بعض العلاجات الخاصة بهذه الحالات على أنابيب الأذن أو جراحة اللوزتين.

العلاج الطبيعي
تمارين خاصة لعلاج مشاكل الرئة والتنفس لدى المواليد، مثل تلك التي قد تظهر لدى الأطفال الخدّج.

العلاج الوظائفي
توفير خدمات التقييم، والتحفيز الحسي وتمارين الحركة من قبل معالج متخصص، ويوفر هذا العلاج لحالات خاصة مثل الأطفال الذين يولدون مبكرًا ويعانون من مشاكل في التغذية.